Éste proceso se desarrolla transversalmente, articulando las diferentes áreas de conocimiento y de formación. En el PEP se establecieron ejes transversales de formación, en los cuales se hace énfasis en el desarrollo competencias investigativas. Para desarrollar éstas competencias, existen los siguientes cursos que conforman la estructura de ejes transversales y horizontales de formación: Seminario Integrador (I, II y III), Seminario de Investigación (I, II y III), Trabajo de Grado, Proyecto Social y Práctica Profesional. Estos cursos implementan estrategias de aprendizaje que promueven el pensamiento investigativo.

También, en todos los cursos del plan de estudios del programa, las actividades pedagógicas, didácticas y evaluativas se concentran, desde los primeros semestres, en el desarrollo de competencias básicas. Especialmente se promueven: lectura y escritura crítica (lo cognitivo), elaboración de reseñas bibliográficas, ejercicios de comprensión de lectura, recopilación y ordenamiento de datos, manejo estadístico y la utilización de herramientas TIC como estrategias de aproximación y apoyo a la formación y desarrollo de capacidades  de indagación y búsqueda de información.

Además, los microcurrículos plantean el desarrollo de las competencias investigativas a través de la elaboración de proyectos académicos en el aula sobre los temas disciplinares, en concordancia con las líneas de investigación de los Grupos de Investigación y las líneas definidas por el Programa Académico.

Asumiendo que cada una de las competencias investigativas definidas en el PEP es transversal al plan de estudios, cada docente debe reconocer el sentido de las competencias investigativas, determinadas para su unidad de trabajo y operacionalizarlas en el desarrollo de los contenidos.